Yaquilərin xristianlaşması, 1609-cu ildə dinin Sonora ərazisinə nüfuz etməsinə imkan verən şey idi.
Müstəmləkə dövründə Sonora, yalnız bu varlığın hüdudlarına daxil olan Sierra Madre Occidental yamaclarına cavab verirdi. Real de la Cieneguilla da daxil olmaqla, Yaqui çayından şimala doğru uzanan bölgəyə Pimería Baja, o Realdan Kolorado çayına qədər ən şimal bölgəyə - indiki Şimali Amerika əyalətinin Arizona əyalətində - Pimería Alta adlanırdı.
İndiki Sonoran ərazisi, o vaxtlar Mayo və Yaqui çayları arasında, Kaliforniya Körfəzi sahillərində yerləşən bir yer olan Chihuahua və Ostimuri əyalətində yerləşən Pimeriya adının cənub-qərbindəki kiçik bir bölgəni də əhatə edir.
1614-cü ildə missionerlər Pérez de Rivas və Pedro Méndez Ostimuri bölgəsindəki Mayyaları xristianlaşdırdılar və missiyanı üç bölgəyə böldülər: Santa Cruz (Mayonun ağzında), Navojoa və Tesia.
Tepahues, 1620-ci ildə Cornicaris ilə birlikdə birləşdirildi. Ata Miguel Godínez, San Andrés de Cornicari və Asunción de Tepahui missiyalarını qurdu . Elə həmin il Yaquinin ağzında yerləşən Bacúm, Torín və Rahún-un yuxarıda göstərilən beş missiyasına əlavə olaraq San Ignacio Rektorluğu quruldu.
1617-ci ildə Yaquiler valideynlər Pérez de Rivas və Tomás Basilio tərəfindən çevrildi. Əzablara, qiyamlara, işgəncələrə və qətllərə baxmayaraq, Sonoranın çevrilməsi daha sürətli və daha etibarlı idi. 17-ci əsrdə Cizvitlər genişlənərək Chinipas olaraq bildiklərinin cənub-qərb hissəsində Maycoba və Yecora missiyasını qurdular.
Yaqui çayından şimala doğru olan missiyalar dörd rektoriyaya bölündü: San Borja missiyaları qruplaşdırdı: Cucumaripa və Tecoripa , 1619-cu ildə qurulmuşdur; 1622-ci ildə Movas və Onovalar; 1627-ci ildə Sahuaripa; 1629-cu ildə Matape; 1677-ci ildə Onapa və Ariveçi , 1727-ci ildə. 1627-ci ildə qurulan Batuco, 1640-da Oposura və Bacadeguachi daxil olan Yaponiyanın Üç Müqəddəs Şəhid Rektorluğu , Guazavalar , Santa María Baceraca və San Miguel Bavispe , 1645-ci ildə qurulmuşdur. 1636-cı ildə Uresin vəzifələrini birləşdirən San Javier Rektorluğu; 1639-cu ildə Aconchi, Opodepe və Banámichi; 1648-ci ildə Cucurpe və Arizpe, 1655-ci ildə Cuaquiárachi.
1687-ci ildə missioner Eusebio Francisco Kino Pimería Alta'ya girdi və qurduğu Nuestra Señora de los Dolores Rektorluğunun vəzifələrinə başladı: Caborca, Francisco Javier Saetanın atasının mənəvi dəstəyi ilə yazışmaları davam etdirən Caborca. Kino; Atil, Tubutama, Dərdlər Xanımımız Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera və Imuris.
Cizvitlərin qovulmasından sonra, missiyalar bir daha inşa etməyən və yalnız mövcud olanları qorumağa çalışmaqla məhdudlaşan fransiskalılara həvalə edildi. Cizvitlər əvvəllər Sinaloa və Sonorada yaşayış yerləri qurduqdan sonra gözlərini Kaliforniya ərazisinə çevirdilər.
